1958年9月，新会中级卫生学校创办，是全县第一所公办卫生学校，校址初设会城镇南北里，后迁南隅路第义巷。招收西医士中专班学生47人，学制3年，另有培训半年的护理班52人。

1964年，学校被压缩停办。

1970年，学校复办，校名改称新会卫生学校，培训“赤脚医生”、护理和护士。

1973年，学校开设中医班。

1978年秋，学校迁至圭峰路。

1984年始，学校改由江门市卫生局直接管理，面向全市所属各县（区）招生，挂江门市卫生学校和新会县卫生学校两个牌子。同年，学校更名为江门卫生学校。

1992年，学院更名为广东省江门中医药学校。

2016年2月27日，广东省高校设置评议委员会召开全体会议，经评议表决，同意江门市政府设立广东江门中医药职业学院。

2017年3月，学院经广东省人民政府批准、教育部核准成为公办全日制高等职业院校。5月，教育部发函同意设立广东江门中医药职业学院。9月8日，广东江门中医药职业学院揭牌仪式举行。

2022年，学院被广东省教育厅确立为省域高水平高等职业院校培育单位。

2023年12月，学院获准加入教育部“中欧人文交流服务计划”。