2016年7月8日，广东海上丝绸之路博物馆被国家海洋局列入首批“全国海洋廉政文化示范点”。

2022年1月，拟入选2021-2025年全国科普教育基地第一批认定名单。

2022年3月，广东海上丝绸之路博物馆的“昔日的贸易商船 今天的文化方舟”南海i号主题研学旅游项目，入选“2021全国十佳文化遗产旅游案例名单”。

2022年3月30日，被中国科学技术协会命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。