截至2024年5月，甘肃中医药大学和平校区、五里铺校区、定西校区、甘南校区已形成“一校四区”的办学格局。

和平校区

和平校区坐落于兰州市和平开发区，占地面积1050亩，是学校本科专业人才培养教育基地。

五里铺校区

五里铺校区占地面积105亩，地处黄河名都金城故地“精致兰州”主城区，集省部级重点实验室、科研平台、中药创新研究院于一体，是学校高层次人才培养和继续教育基地。

定西校区

定西校区占地805亩，坐落于素有“中国药都”“甘肃咽喉”之称的定西市。

甘南校区

甘南校区占地81·61亩，坐落于素有“青藏之窗、户外天堂”之称的甘南州合作市，是学校培养藏医药人才、传承藏医药文化、推进民族医药学发展的重要基地。