根据上述职责，州妇联单位内设5个部门。

（一）办公室：负责协调、承办州妇联机关的内外协调、政务服务、事务管理；负责州妇联党组、主席办公会议和全体职工会议的组织安排和记录，起草全会性综合文稿；负责全会文档、财务、保密及安全工作；拟定全会各项工作制度和计划等；

（二）儿童部：负责贯彻和实施《中国儿童发展规划纲要》、《甘肃儿童发展规划》、《甘南州儿童发展规划》；指导全州妇联系统儿童工作。配合有关部门开展群众性的“优生、优育、优教”知识宣传普及教育活动；配合教育部门开展家教工作等

（三）权益部：负责在全州宣传、贯彻、实施《妇女权益保障法》；协助有关部门检查有关政策法规的执行情况，维护妇女合法权益；调查研究妇女权益方面的情况、问题，参与有关法规等。

（四）宣传发展部：负责宣传党的路线、方针、政策、宣传男女平等基本国策，宣传妇女和妇联工作等

（五）组织党务部：负责执委会、妇代会的筹办事宜，联系各执委，举办团体会员活动；配合组织部门做好培养选拔女干部工作和女干部的培训。配合州委组织部做好培养选拔妇女干部工作，建立妇女人才库，适时推荐妇女优秀人才等。