创办时期（1958年至1966年）

1958年8月25日，中共福建省委决定新办的工科大学设在福州，确定校名为福州大学。同年，作为福州大学前身，依托厦门大学的福建工学院，正式招生办学，最初设有机械系，电机系，化工系，矿冶系等4个系。1960年，省委任命卢嘉锡为福州大学副校长。1961年，由卢嘉锡主持筹办工作的《福州大学学报》创刊号正式出版。1962年7月，国家经济困难时期，卢嘉锡倡导和坚持福州大学继续办下去，并保留理科。三年困难时期，福州大学压缩规模，调整合并科系，全校保留5个系、10个专业。

文革时期（1966年至1976年）

改革开放时期（1978年至今）

1978年，学校成立结构工程学科(设有钢筋砼结构、桥梁结构和建筑力学三个研究方向)，并开始招收硕士研究生，水工结构工程专业开始招收硕士研究生。1978年，华侨大学恢复，福州大学土木建筑工程系的一部分转到华侨大学，另一部分仍留该校，维持原建制。1978年，福州大学创建轻工业系，设置轻工机械、食品工艺和食品包装3个专业。1981年，福州大学成为全国首批硕士学位授予单位，土建系被定为福建省高等学校的改革试点。同年，创建管理科学与工程学科、工商管理学科、工业管理工程系等学科。1982年，学校开始招收各个专业本科学生。1983年9月，教育部正式批准福州大学成立财经学院，并相继成立会计系、商业经济系、计划统计系。1984年，学校根据学科专业发展需要，化学化工系分立成化学系和化工系。同年，数学系相关专业和师资组建了计算机科学与技术系。

1996年12月，进入国家“211工程”重点建设100所高校的行列。2010年，福州大学被列入教育部研究生专业学位教育改革试点单位，同年学校入选第一批“卓越工程师教育培养计划”高校。2011年，学校跻身“全国工程硕士研究生教育创新院校”50强。2016年，福州大学获国家首批地方高校“111计划”创新引智基地立项。2017年，福州大学入选“全国首批深化创新创业教育改革示范高校”。同年，学校第二次入选“111计划”。2017年9月21日，福州大学入选“双一流”建设名单。2018年4月19日，福州大学获第42届acm全球总决赛第14名，大陆高校排名第4。2022年，福州大学获批首批国家级创新创业学院。2023年，福州大学获“2023年中国产学研合作促进奖”。

2024年6月，福州大学恒申化工产业创新研究院揭牌成立。

2025年7月11日上午，福州大学德塔新质产业研究院正式成立。