1860年，中华基督教闽中协会（基督教美部会）出资，在福州于山脚下太平街创办了圣教医院，有七、八十张病床，工作人员大部分是基督教徒。

1877年4月18日，美国基督教卫理公会在福州仓前山岭后路建造的中国第一所妇女医院开业，为纪念捐款人命名为马高爱纪念医院，按当地人习惯也叫作“岭后妇孺医院”。

1928年，中华基督教会闽中协会与中华基督教会卫理公会本着博爱、牺牲、服务、治疗救济疾病者的精神，决定将两教会办的圣教医院及马高爱医院合并，建一所规模更大的新医院，因是联合办院，故取名福州基督教协和医院，英文名为willis f pierct memorial hospial（纪念捐款人姓名）。

1944年，抗日战争期间，福州第二次沦陷时医院曾一度被日军占领，业务暂时停顿，部分医务人员及器械迁至永泰，在县城设置门诊，并在县私立桐仁学校内收治少数病人。

1945年5月，福州光复，6月协和医院迁回福州。

1948年，山东解放前夕，济南被解放军包围，火车停运，美国教会办的齐鲁医学院教授带着部分学生迁至福建福州，以协和医院为教学基地，协和成为齐鲁医学院附属医院。

1951年5月27日，福建省人民政府正式批准接管协和医院，福州基督教协和医院正式更名为福州中国协和医院。

1959年，协和成为福建医学院附属医院。

1966年7月至1969年10月文革期间，协和医院被改名为反帝医院。

1969年11月，林彪以战备为名下达“一号通令”，协和医院一周内被一分为三，人员、设备等内迁清流、明溪、宁化三个山区县。图书、病案、x光片等临床资料被当作废品处理。

1970年1月，福建中医学院附属人民医院及中医研究所迁入原协和医院院址，与协和医院留下的少数外科、内科、儿科人员合并组成以中医为主的中西医结合医院，更名为福建省人民医院。

1984年7月1日，经福建省政府批准正式恢复福建医学院附属协和医院名称，原人民医院所属编制人员全部划归中医学院，于1985年2月人民医院迁至吉祥山。

1996年4月，福建医学院更名为福建医科大学，医院随之更名福建医科大学附属协和医院。

2019年，福建医科大学附属协和医院成为全国第一批阵痛分娩试点医院。

2021年，符合福建省“双通道”用药政策的参保患者可在福建医科大学附属协和医院就诊开具。

2022年7月，福建省首家血友病诊疗中心——福建医科大学附属协和医院“血友病诊疗中心”顺利通过现场评审并正式授牌。

2024年1月6日，福建医科大学附属协和医院“福建省心脏医学中心”主体搬迁至旗山院区。搬迁后的中心开放床位693张，心内外科两大病区悉数扩容，实现至少30%的床位数增量。设有独立icu（重症加强护理）、ccu（冠心病监护）病房，并配备杂交手术室、介入导管室与一系列最新先进医疗器械设备。在增量扩容的基础上，实现临床、科研、预防诊疗康复一体化服务的提档升级；1月15日上午，福建医科大学附属协和医院脑血管病科正式开科启用；7月10日，福建医科大学附属协和医院骨科医学中心正式成立；12月11日，福建医科大学协和医院“医保门诊”正式揭牌。

2025年3月13日，福建医科大学附属协和医院体重管理中心正式揭牌；4月20日，福建医科大学附属协和医院妈祖院区重离子医学中心在福建莆田启用；5月30日，福建医科大学附属协和医院举行儿童医学中心授牌仪式暨“健康童年，快乐成长”六一儿童节大型公益义诊活动。