私立福建法政专门学校附属中学

1911年，私立福建法政专门学校附属中学创办，创办人为刘崇佑、林长民等，系福建省福州第二中学前身；同年，主校福建私立法政专门学校成立，校址同在福州乌石山麓的道山路白水井。

私立福建学院附属中学

1929年，主校福建私立法政专门学校升格为福建学院，私立福建法政专门学校附属中学也因之改名为私立福建学院附属中学。

1930年，私立福建学院附属中学购置了前米仓旧址为校址。

抗战时期，私立福建学院附属中学内迁闽清白云渡，后迁浦城大同乡。

抗战胜利后，私立福建学院附属中学迁回福州，校舍由前米仓改建。

1951年2月，福州厚美中学并入私立福建学院附属中学。

福建师范学院附属中学

1951年9月，私立福建学院附属中学与福建省立师范专科学校附属中学合并，改名福建师范学院附属中学。

福建省福州第二中学

1952年，厚美中学与福建师范学院附属中学合并；同年10月，根据福州市文教局指示，学校正式定名为福建省福州第二中学。

2004年5月，福建省福州第二中学被福建省教育厅确认为福建省普通中学一级达标学校。

2018年10月，福建省福州第二中学被福建省教育厅立项为福建省普通高中课程改革基地校。

2022年3月，福建省福州第二中学被立项为福建省第二批示范建设高中。