根据保护区主要保护对象的要求和管理目标需要，建立了较为完善的管理体系。保护区管理局下设办公室、林政科、科技科、经营科、财务科、防火办等6个管理科室以及森林公安分局和华南虎繁育研究所。按管理局—保护管理站、森林公安分局—森林派出所模式设置两级管理，有4个保护管理站， 3个派出所，另外还有7个护林哨卡、1个瞭望塔。 先后制定了《梅花山自然保护区管理办法（试行）》、《福建梅花山国家级自然保护区管理局岗位职责管理制度》、《福建梅花山国家级自然保护区管理局森林防火联防群治管理预案》、《福建梅花山国家级自然保护区管理局生态公益林管理实施方案》以及有关财务资产管理、来宾接待、干部职工请假、考勤等的规章制度。

森林覆盖率从建区前的60·4%上升到94%，并多次被省、市授予“无森林火灾”单位。1999年12月，被国家环保总局、国家林业局、农业部、国土资源部等部门联合授予“全国自然保护区管理先进集体”，被国家林业局授予“2002-2003年度自然保护区管理先进单位”等荣誉称号。

通过实施保护区一期工程项目建设，保护区基础设施建设初具规模，现有管理局、公安分局、华南虎繁育研究所、两个保护管理站和一个护林哨卡等的办公用房及相应的办公用具、车辆、通讯设施和设备等。同时，在区界周围立碑定界，设宣传牌143个；先后新建和维修林道、人行便道38km。2004年底国家林业局批复了“福建梅花山国家级自然保护区管理局二期工程建设”项目。