研究院将致力于推进复旦大学相关领域科研成果的产业化，促进宁波市的产业结构调整。

2013年1月22日，在复旦大学与宁波市政府战略合作签约仪式上，中国科学院院士、复旦大学副校长金力和时任宁波市委书记王辉忠、时任校党委书记朱之文手中接过复旦大学宁波研究院的牌匾。

复旦大学宁波研究院实行理事会领导下的院长负责制，理事会成员由复旦大学与宁波市人民政府双方共同组成。研究院是复旦大学下属事业法人单位，同时注册成立复旦大学宁波研究院有限公司，实行“两块牌子一套班子”的管理体制和企业化运作。同时成立企业法人性质的创新中心，对研究院的项目提供专业的产业孵化、技术转移和投融资服务等。

复旦大学提供研究院所有合作领域所需的科研成果和专业人才。

研究院实施的科研项目将在研究院内完成研发、中试和产业化。

杭州湾新区提供相关政策配套支持，相关科研条件对研究院开放，确保为研究院完成各研发项目提供所需的人力投入、技术支撑和辅助支持。

复旦大学以及研究院的科技成果或专利将优先在宁波杭州湾新区进行产业化，学校鼓励下属产业机构优先到宁波杭州湾新区发展。