东莞市公安局下辖35个分局，分别为公交分局、森林分局及全市33个镇（街）所设的公安分局，有36个交警大队、111个派出所。

市局机关下设指挥中心、政治处、警卫处、宣传科、通讯科、监察科、出入境管理科、法制科、监所管理科、老干部科、消防管理科、审计科、信访科、装备财务科等14个内设单位，以及刑警支队、治安巡警支队、交警支队、经济犯罪侦查支队、行动技术支队、国内安全保卫支队、特警支队、网络警察支队、警务督察支队、禁毒支队、市看守所、市第二看守所等13个直属单位。

另有人民警察培训学校、市机动车驾驶人考试中心为事业单位，武警支队、边防支队为现役部门。