合作交流办公室设三个内设机构，分别为：

一、综合科：负责综合协调机关日常政务工作；协助党组落实管党治党主体责任，牵头谋划本系统党建工作；负责纪检、信息、文秘、机要、保密、档案、组织人事、后勤、信访和财务等工作。

二、支援合作科：负责贯彻执行国家和本市有关加快东西部扶贫协作和对口支援工作、推动经济高质量发展的战略、方针和政策，会同有关部门安排对口支援资金；负责综合协调、组织推动本单位承担的东西部扶贫协作和对口支援工作，负责相关工作完成情况的统计、分析和检查考核工作；负责援受双方跨地区经济联合重点项目的协调和服务。

三、招商科：负责编制并实施全年的招商和出访计划、负责组织推动本区与外省市之间的经济交流与合作；负责全区招商引资指标任务年度计划的分解、指标任务完成情况的统计和综合分析，对承担指标任务单位完成情况的评价考核；负责全区招商引资资源和项目的汇总分析工作；负责项目论证会及项目例会的组织准备工作；负责内资招商重要文稿起草、审修。