玄武园区

玄武园区由长江后街园区和四牌楼双创基地组成。2001年，东南大学与南京市玄武区人民政府合作共建东大科技园长江后街园区。长江后街园区毗邻著名的珠江路创业大街，载体面积1·8万平方米，累计孵化企业500余家，培育高新技术企业40余家，已形成电子信息技术、创意设计、工程设计、集成电路设计等产业的集聚。2017年建成四牌楼双创基地，专门用于支持师生创新创业。

栖霞园区

2012年，东南大学与南京市栖霞区人民政府合作共建东大科技园栖霞园区。栖霞园区由东南大学原晓庄校区改造而成，载体面积2·4万平方米，建有人才公寓等生活配套设施。2013年园区正式投入运营，累计孵化企业150家，培育高新技术企业20余家，已形成物联网、机器人、电子信息、生物医药等产业的集聚。园区建有省级备案众创空间“东特创客汇”。

高新园区

2013年，东南大学与原南京高新技术产业开发区管理委员会合作共建东大科技园高新园区。高新园区由原校区2万平方米建筑改造而成，2016年正式投入运营，累计孵化企业70家，培育高新技术企业近20家，已形成电子信息、先进设备制造、新能源等战略性新兴产业的集聚。2017年，东南大学与江北新区管委会签约，以高新园区为载体依托合作共建东南大学江北新区创新研究院。

江宁园区

2012年，东南大学与江宁经济技术开发区合作共建东大科技园江宁园区。江宁园区紧邻东南大学九龙湖校区，建有国家备案众创空间“九龙5g创业谷”。江宁园区将新增集创新空间、创业空间、孵化空间、展示空间、网络空间、社交空间和资源共享空间于一体的3万平方米综合性大型双创载体，主要服务于师生及校友创新创业。

下关园区

2012年，东南大学与南京市原下关区人民政府合作共建东大科技园下关园区。下关园区位于幕府东路199号，总面积7万平方米，累计孵化企业800余家，培育高新技术企业30余家，以新一代信息技术产业为主导产业，形成新型显示技术、物联网、高端软件三个产业集聚。

苏州园区

2008年，东南大学与苏州市人民政府合作共建东大科技园苏州园区，是苏州市引入的第一家国家大学科技园。园区坐落于苏州工业园区独墅湖科教创新区，载体面积近3万平方米，累计孵化企业400余家，培育高新技术企业30余家，已形成电子信息技术、医疗器械、新材料、新能源、动漫设计等产业集聚。

扬州园区

2012年，东南大学与扬州市政府合作共建研究院和科技园扬州园区。园区位于广陵新区，依托东南大学优势学科，集聚扬州市优质资源，努力打造以先进装备制造研发、软件信息研发、智能电网研发等领域为主的综合性双创平台。园区建有省级备案众创空间“东创星辉”。

昆山双创基地

2019年，东大科技园与昆山市张浦镇人民政府合作共建昆山双创基地（昆山），载体面积3万平方米，现有智能制造、生物医药、物联网等领域的30余家企业入驻，博士、硕士团队占三分之二，其中包括多个东大校友创新创业团队，并与学校多个院系开展了产学研合作。2021年，在前期合作基础上，双方合作共建东大科技园昆山分园，将继续依托东南大学，以“创业导师+专业孵化+金融投资”为服务模式，围绕智能制造、人工智能等领域引进高质量人才科创项目，打造最具有活力和竞争力的高端双创生态科技园。

马鞍山双创基地

2019年，东大科技园及东大南京校友会与慈湖国家高新区合作共建东大科技园马鞍山双创基地，一期载体面积2万平方米，基地入驻企业11家，涉及智能制造、物联网、软件服务、互联网新经济、大数据服务等领域，引入中介服务机构3家，引入高层次人才团队2家，引进硕士5人博士3人，2020年完成马鞍山市级科技企业孵化器备案。

镇江双创基地

2020年，东大科技园及东大南京校友会与镇江市润州区人民政府、官塘创新社区管委会合作共建东大科技园镇江双创基地，先导区载体面积2·15万平方米，已于2021年开工建设，未来将建成集投融资服务、市场服务、信息交流服务、公共技术服务、教育培训服务、政务服务于一体的综合性产业园区，打造全球智能制造产业创新示范中心，助力镇江经济发展与科技进步。