1958年3月，批准“大连医学院附属第二医院”建制，

1963年1月，大连医学院附属第二医院正式开诊，

1969年5月，随大连医学院南迁遵义市，成立遵义医学院附属医院，

1979年1月，大连医学院回迁复办，

1984年2月，辽宁省卫生厅批准大连医学院附属二院复建，

1987年1月，大连医学院附属第二医院正式复建，

1991年3月，大连医科大学附属第二医院独立办院，

1994年10月，通过辽宁省卫生厅医院分级管理评审，批准为三级甲等医院，

2003年5月，经辽宁省政府批准，与大连石油化工公司职工医院合并重组，成立大连医科大学附属第二医院北院，

2011年10月，大连医科大学附属第二医院蓝湾院区挂牌成立，

2012年7月，大连医科大学附属第二医院钻石湾院区挂牌，

2013年8月，大连医科大学旅顺医疗中心项目正式启动，

2014年4月，大连中德肿瘤中心正式启动。

2022年10月16日，大连医科大学附属第二医院参与的辽南运动康复联盟正式成立。

2025年6月13日，大连医科大学附属第二医院乳腺肿瘤诊疗中心正式成立。