1906年9月1日（清光绪三十二年），“大连基督教青年会附设商业学校”正式创校。设预科、本科、专科和研究科，修业年限各为一年，当时只有学生73人。

1907年（清光绪三十三年），增设女子部。

1910年（清宣统二年）9月15日，由东洋协会满洲支部以其男子部为基础创设大连商业学校。东洋协会满洲支部长、关东都督府民政长官白仁武兼任校长。

1913年（中华民国二年），迁入新建校舍，升格为5年制甲种大连商业学校。

1943年，改称大连经济学校。

1943年，改称大连女子经济学校，位于中山区独立街；解放后，曾为中山区中心小学等。

1968年，改名为旅大市第三十五中学。同时原旅大市西岗区半工半读二中改名为旅大市第三十六中学。

1969年，大连市第三十五中学与大连市第三十六中学同时迁入本校址，次年合并，更名为大连市第三十六中学。

2000年5月18日，大连市第三十六中学与大连市第二十四中学正式结为友好学校。

2004年5月20日，著名校友邵先鹏在该校设立“邵先鹏奖学金”。

2005年9月31日，在大连市人民体育场召开第三十六届运动会。