学院重视研究人员与中国国内外研究单位、学者的交流合作，鼓励并用经费支持参加中国国内外学术会议，邀请中国国内外学者到访。据2022年5月学院官网显示，5年来，学院研究人员参加国际及双边学术会议194人次，参加中国重要学术会议187人次，其中在国际重要学术会议做大会报告和特邀报告30余人次，包括美国化学会年会、日本化工学会年会、iwa会议等；邀请中国国内外学者到访80人次；派出20人次到中国国外开展访问研究/博士后研究。学院共有18名研究人员任国际期刊编委/副主编。

学院组织承办环境领域高水平、高层次的重要学术会议。2015-2019年期间，学院组织承办国际会议6次、中国会议3次。包括iwa nano & water regional conference、international anammox symposium 2015、international symposium on chemicals risk prediction and management 2015， 2017， 2018、中日韩能源与环境研讨会、第二届生态毒理学学术研讨会——“预测毒理学”专题学术讨论会、第五届生态毒理学研讨会、中国化学会第三十界年会环境化学分会等。学院每年派科研教师和研究生组成的访问团队，参加中日韩研讨会，进行交流。

学院注重加强与中国国内外实验室和国际大型企业的合作与交流。与美国食品药品监督管理局国家毒理学研究中心、荷兰莱顿大学和荷兰国立公共健康与环境研究所、日本横滨国立大学、日本国立环境研究所以及日本产业技术综合研究所共同承担国际合作项目3项，获批高等学校学科创新引智计划项目1项，持续建设工业生态与环境工程教育部重点实验室与城市水资源与水环境国家重点实验室工业污染防治联合研究中心。