截至2024年5月，大连海洋大学共有三个校区，分别为黑石礁校区、大黑石校区和瓦房店校区，占地面积67万平方米，教学、科研使用海域面积67万平方米，总建筑面积41万平方米。

黑石礁校区

该校区位于辽宁省大连市沙河口区黑石礁街52号。机械设计制造及其自动化（中外合作办学）专业在黑石礁校区办学。

大黑石校区

该校区位于辽宁省大连市甘井子区营平路288号，校区设有视觉传达设计、法学、人力资源管理、社会政策、会计学、市场营销、农林经济管理、经济与金融、日语、英语、翻译专业。

瓦房店校区

该校区位于辽宁省大连市瓦房店市东长春路二段12号。应用技术学院的14个专业在瓦房店校区办学。