1958年9月20日，昭乌达农牧专科学校创建，隶属昭乌达盟公署领导，设置农学、畜牧、林学，水利、机械、气象等6个专业。

1960年，招收学制5年的农、牧、林、水4个专业的大专学生。

1961年，停止招生。

1964年，学校更名为昭乌达农牧学校，改办中专，只设农学，畜牧两个专业，学制3年。

1966年6月至1972年，停办。

1973年、1974年，接收地方推荐学员，设农学、畜牧两专业。

1975年，学校与农业、牧业、林业、农机4个科研所及农机学校合并成立昭乌达农牧学院，设置农学、畜牧农机、林果、水利5个系。

1977年秋，校、所分开，再办中专。

1979年冬，恢复“昭乌达农牧学校”名称。

1983年10月，随市划改为赤峰农牧学校。

1992年，被内蒙古自治区人民政府命名为“重点普通中等专业学校”。

2017年，经内蒙古自治区人社厅批准在赤峰农牧学校增设“赤峰农牧高级技工学校”。

2020年4月，经内蒙古自治区人民政府批准，在赤峰农牧学校原址上成立赤峰应用技术职业学院。同年5月，经中华人民共和国教育部备案。

2023年11月，经内蒙古自治区人民政府批准成立内蒙古农牧技师学院。同月，当选为全国数字创意行业产教融合共同体副理事长单位。

2024年，入选自治区第二批老年教育社区教育教学点试点院校。

2025年5月12日，赤峰应用技术职业学院与赤峰市农牧科学院签订战略合作协议。