截至2025年3月，学校官网显示，长春中医药大学占地面积39·12万平方米，建筑面积32·14万平方米。截至2024年10月，学校有净月、红旗、东民主、博学4个校区。

净月校区

净月校区位于吉林省长春市长春净月高新技术产业开发区博硕街道博硕社区博硕路1035号。

红旗校区

红旗校区位于吉林省长春市朝阳区红旗街道富锦社区工农大路1478号。

东民主校区

东民主校区位于吉林省长春市朝阳区永昌街道杏花村社区东民主大街482号。

博学校区

博学校区位于吉林省长春市长春净月高新技术产业开发区博硕街道永安社区博学路2067号。