1985年，《长春中医学院学报》创刊，当时仅为内部刊物，试发行，每年出版4期。

1992年3月，经吉林省新闻出版局批准，获统一刊号，批准公开发行，为中文季刊。

1996年，该刊获得国际刊号。

2007年，由季刊改为双月刊；8月，随着长春中医学院更名为长春中医药大学，由《长春中医学院学报》更名为《长春中医药大学学报》。

2014年12月，该刊入选中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。