1950年，长春市立中医进修学校成立。

1958年，在吉林省中医进修学校基础上成立长春中医学院。

1962年，吉林省卫生干部学校并入学校。

1970年，学校并入了吉林医科大学。

1978年，从吉林医科大学中独立出来，恢复长春中医学院建制，原全国人大常委会副委员长、中国科学院院长郭沫若为学校题写了校名。

2000年，吉林省职工医科大学和长春中医学院附属卫生学校并入学校。

2002年，长春中医药大学净月校区一期工程胜利竣工，学校主体迁入净月校区。

2003年，国务院学位委员会批准该校成为博士学位授权单位。

2004年，吉林省人民政府确定该校为省属重点高校。

2006年，获教育部批准，长春中医学院更名为长春中医药大学。

2012年，学校获得了国家中西部高校基础能力建设工程项目。

2018年10月，学校成为吉林省人民政府与国家中医药管理局共建高校。

2020年3月，入选吉林省特色高水平大学建设项目高校。

2023年11月24日，当选为东北“三省一区”中医药教育发展联盟副理事长单位；12月4日，长春中医药大学举行辅导员工作室揭牌仪式。

2025年4月15日，长春市政府与长春中医药大学签署深化市校合作协议，携手打造永春中医药健康产教科创园，发展壮大新医药产业，助力吉林中医药强省建设。