前身溯源

原北京中医药大学

1956年，中国国务院发文正式成立北京中医学院等四所中医院校，新中国高等中医药教育由此起步。1960年，北京中医学院被中央确定为全国重点高校。1971年，其与中国中医研究院合并。1977年，两院分开，学校恢复独立办学。次年，学校首开中医药研究生教育之先河。1981年11月，北京中医学院成为首家中医药学博士学位授权单位。1993年，学校更名为“北京中医药大学”。1996年，学校入选国家“211工程”重点建设大学，学术地位和办学层次进一步提升。

北京针灸骨伤学院

1983年4月，中国卫生部向国务院申报组建北京针灸学院，由中国中医研究院负责筹建。1986年3月，国家教委批复卫生部，同意该校正式建立。同年8月，经卫生部党组任命，陈绍武同志兼任北京针灸学院院长、代理党委书记。同年9月，北京针灸学院举行“学院成立暨首届开学典礼大会”。1987年10月，学院更名为“北京针灸骨伤学院”。

合并发展

2000年，原北京中医药大学与北京针灸骨伤学院合并组成新的北京中医药大学，新北京中医药大学为教育部直属高校。2006年9月，北京冶金医院划转至北京中医药大学，北京中医药大学第三附属医院成立。次年，教育部、卫生部和国家中医药管理局共建北京中医药大学，整合教育和卫生两大系统的资源，共同推进学校建设和发展。

2008年7月，北京中医药大学入选第二批大学生创新性实验计划项目学校。2011年，学校入选国家“985工程优势学科创新平台”建设高校。同年，北京市加入共建北京中医药大学行列，学校良乡校区举行奠基典礼，学科建设、首都优势和硬件环境进一步凸显。

2015年4月，北京中医药大学入选卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校。10月，学校良乡校区落成并举行揭牌仪式。同年12月，北京中医药大学、上海中医药大学等5所高校共同成立的“创建世界一流中医药大学合作联盟”举行签约仪式，5所高校将联手建立中医药大数据库与中医健康事务协同创新中心。

2016年1月，北京中医药大学巴塞罗那分校落户西班牙，中医硕士学位首次进入欧盟主流医学教育体系。同年12月，北京中医药大学与大连市政府共同签署战略合作框架协议，并与瓦房店市政府共同签署学校大连校区项目合作协议。

2017年7月，北京中医药大学被列为全国第二批深化创新创业教育改革示范高校。9月，其入选成为世界一流学科建设高校。2017年12月，厦门市中医院挂牌成为北京中医药大学第八临床医学院、北京中医药大学厦门医院。同年，学校还被中国教育部、国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理先进集体”。

2018年，北京中医药大学成为教育部新一届高等学校中医学类、中西医结合类专业教学指导委员会主任委员单位。2018年6月，学校与房山区人民政府合作共建的北京中医药大学第六临床医学院、北京中医药大学房山医院正式揭牌。次年12月，北京卓越医学人才培养高校联盟成立，北京中医药大学为该联盟成员单位之一。

2020年7月，北京中医药大学入选第二批高校国家知识产权信息服务中心名单。9月，学校加入健康扶贫联盟。10月，北京中医药大学被国家知识产权局、教育部认定为2020年度国家知识产权试点高校。11月，学校入选为第三批国防教育特色学校。同年12月，北京中医药大学岐黄学院、国际针灸创新研究院先后揭牌成立。

2021年，北京中医药大学首次获批教育部基础学科拔尖学生培养计划2·0基地。同年9月，学校成立王琦书院，并被中国文化和旅游部认定为第五批国家级非物质文化遗产代表性项目中医养生（中医传统导引法）保护单位。2022年2月，北京中医药大学入选第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。次年12月，全国中医药数字化教学联盟成立，北京中医药大学被推选为联盟副理事长单位。2024年10月，北京中医药大学中医老年大学揭牌。2024年11月，北京中医药大学校长唐志书与牛津大学burdon sanderson心脏科学中心名誉主任david paterson教授在英国牛津大学签署北京中医药大学与牛津大学合作谅解备忘录，标志着两校交流与合作进入崭新的发展阶段。

2025年3月12日，北京中医药大学附属北京中西医结合医院揭牌。4月，四川省中医药科学院与北京中医药大学签订战略合作备忘录。4月24日，北中医与国家纳米科学中心正式签约。7月21日上午，北京中医药大学中医药文化传播社会实践基地揭牌仪式在广陵举行。