北京亦庄实验中学校园设计充分体现了对学生主体性的尊重，为师生提供充足的学习和交流空间，让学习随时随地发生。校园以公共资源区为中心，将初中部、高中部连为一体，打通了教学空间，优化了教学资源。

学校教室均为学科功能教室，以整合教学需求、营造学术氛围、凸显学科特色为主要目标，让学生走到了学习的中心。在整合教学需求方面，学科功能教室作为学科学习的发生地，对图书阅览、实验操作、线上线下学习等进行资源重组，为学生学习提供全方位服务。同时，学科教室为了给学生多样化的学习需求提供便利，设置了自主学习区、学术答疑区、交流研讨区。部分学科教室建设为学科探究实验室，使学生随时随地都能进行科学探索与实践，给学生最大探究问题的可能，激发他们对于科学世界的兴趣与热情。在学术氛围营造方面，教师在自己的学科教室内工作学习，与学生交流研讨；而教室内大量软木板展示空间的设置，给学生的作业作品化提供了展示平台。学校配置了多个高端实验室，教师为对理、化、生、地课程有特殊兴趣的学生量身打造高端实验课程，为他们提供自主探究的空间。校园还实现了无线网络覆盖，移动终端进入课堂成为学习与交流的必备手段。

学校生活服务区共有四个学生餐厅，可容纳3120人同时就餐。学校通过引进不同的餐饮公司，创设竞争机制，提高服务水平，满足不同口味的饮食需求。学校拥有学生宿舍209间，可容纳836名学生。宿舍均为四人间，组合床配置，拥有独立卫浴与阳台。同时，宿舍内设置自主学习区与交流区，学生还可以自主选择学习时段和休息时段。