1952年，医院前身-北京市第二疗养院创建。

1956年，医院迁至现址。

1959年，医院更名为北京市永定路医院。

1989年，医院纳入全国第一批中西医结合医院，更名为北京市中西医结合医院。

1994年，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院。

1996年，医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心。

2016年，医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院。

2017年5月8日，医院被评定为三级甲等中西医结合医院。

2025年3月12日，北京中医药大学附属北京中西医结合医院揭牌暨医教研协同发展签约仪式举行。