北京交通大学作为交通大学的三个源头之一，历史渊源可追溯到1896年，前身是1909年清政府创办的铁路管理传习所，是中国第一所专门培养管理人才的高等学校，是中国近代铁路管理、电信教育的发祥地。

北京铁道学院

1917年改组为铁路管理学校和邮电学校；1921年与上海工业专门学校、唐山工业专门学校合并组建交通大学；1923年交通大学改组后，学校更名为北京交通大学。

北方交通大学

1950年学校定名北方交通大学，毛泽东主席题写校名，著名桥梁专家茅以升任校长；1952年，北方交通大学撤销，学校改称北京铁道学院；1960年学校被国家确定为重点高校；1970年恢复“北方交通大学”校名；1981年，成为全国首批博士、硕士学位授予单位;1997年成为国家“211工程”重点建设高校；1999年，学校入选第一批国家大学生文化素质教育基地；2000年与北京电力高等专科学校合并，由铁道部划转教育部直属管理。

北京交通大学

2003年恢复使用“北京交通大学”校名；2010年，学校入选教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”建设高校，同年被评为“全国工程硕士研究生教育创新院校”；2012年4月，教育部、铁道部、北京市人民政府签署协议共建北京交通大学；2013年4月，由学校独立牵头的“2011计划”“轨道交通安全协同创新中心”通过教育部认定，成为国家首批认定的14所中心之一；2015年北京交通大学威海校区建成；2017年入选国家“双一流”建设高校；2023年北京交通大学雄安校区开工建设，2024年5月12日校区综合楼主体封顶。