设有36个专业科室，包括血液科、心胸外科、急重症医学科、呼吸过敏科等重点科室：

血液肿瘤中心：具备造血干细胞治疗技术资质

心胸外科：开展复杂先天性心脏病手术

呼吸过敏科：配备800平方米中心实验室

急诊医学科：承担北京市危重新生儿抢救转会诊任务

辅助科室：配备64排128层ct、1·5t核磁共振等设备