实验动物中心动物设施主要包括spf级小动物和普通级大动物设施。其中spf级小动物采用国际一流的独立通风系统（ivc）进行饲养，主要用于开展基因工程小鼠等相关研究。大动物设施采用国家标准建设，可开展犬、非人灵长类、小型猪等相关动物实验，现主要用于开展非人灵长类老年疾病综合症的研究，以及非人灵长类家群行为学的研究。同时中心根据北京大学从事生命科学及行为学研究领域学科的需求，配备了小动物行为学实验室，小动物b超室、ct室、，大动物b超室、ct室手术室，小动物x光辐照仪等多个专门的动物实验室。

北京大学实验动物中心动物影像平台主要着眼于动物的在体研究，配备有价值2000万元的现代化影像设备，可以多尺度、多模态对动物进行实时动态观察，为生命科学、医药研发等相关研究提供全方位的服务。主要仪器包括由医学物理和工程北京市重点实验室(北京大学)自主研发生产的小动物spect/cbct成像系统、小动物b超和美国ge ct/e全身螺旋ct。

小鼠转基因动物平台始建于2007年6月，拥有显微操作系统、体视显微镜、超净工作台、co2培养箱等仪器设备。现有工具鼠品种包括c57bl/6、b6cbaf1、cd-1、balb/c等。服务项目包括转基因小鼠制备（原核注射）；嵌合体小鼠制备（囊胚注射）；体外受精；胚胎冷冻；胚胎净化。平台已成功开展载体构建和纯化、转基因小鼠制备、嵌合体小鼠制备、小鼠胚胎干细胞培养、体外受精、胚胎冷冻、胚胎移植、胚胎净化等工作。经过不断发展完善，平台已成功获得20余种转基因小鼠模型，通过胚胎净化方式净化10余个小鼠品系，为北大多个院校及科研院所提供技术服务30余项。