考古文博学院科研力量雄厚。设有教育部全国人文社会科学重点研究基地“中国考古学研究中心”、北京大学古代文明研究中心、北京大学遗产地保护与研究中心等重要研究机构，以及实验设备先进的科技考古与文物保护实验室。通过这些机构，每年组织和实施一批重大研究课题，以及承担国家重要研究任务。在举世关注的“夏商周断代工程”、“中华文明探源工程”等国家项目中，北大都做出了突出贡献。

考古文博学院的教师队伍也即科研的主体，他们中的许多人分别在各自的研究领域做出了开拓性成绩，是学科发展的带头人。当然，这些科研成果也不断地体现在学院的教学之中。

考古文博学院正密切跟踪国际学术发展趋势，不断提升科研实力，以推动中国考古学的建设与发展。