遭遇“袭击”

1998年2月4日，正在比利时首都布鲁塞尔访问的盖茨遭到了奶油馅饼“袭击”。在他进入该市音乐大厅去参加一次教育大会时，当地无政府主义者向盖茨投掷了奶油馅饼。据说盖茨事后表示，扔向他的奶油馅饼“味道并不是很好”。

插兜握手

比尔·盖茨在会见各国政要时，曾多次采用手插裤兜式握手，其行为一度被韩国媒体等，视为无礼，引发争议。相关行为包括：2008年与时任韩国总统李明博会晤时单手插兜，2012年与时任法国总统奥朗德会晤时单手插兜，2013年与时任德国总理默克尔会晤时单手插兜，2013年与时任韩国总统朴槿惠会晤时单手插兜等。不过，盖茨在2001年与韩国前总统金大中会晤时，采取的则是双手握手。

对婚姻不忠

2019年，微软公司女工程师爆料了自己与比尔·盖茨的婚外情。微软对此事进行了调查，但参与调查的成员仅限于最高层。2021年，比尔·盖茨和梅琳达·盖茨宣布离婚。2022年5月，《今日》节目采访比尔·盖茨，在被询问在他和梅琳达27年的婚姻中是否出轨时，比尔·盖茨证实，给前妻梅琳达·盖茨“造成了痛苦”，这是比尔·盖茨首次承认自己对婚姻不忠。

与爱泼斯坦来往

2019年，《纽约时报》刊文，爆料盖茨与性犯罪者爱泼斯坦之间的关系，后者帮助未成年人拉客卖淫。盖茨的发言人布里吉特·阿诺德驳斥了《纽约时报》的报道，称报道对于盖茨与爱泼斯坦及其他人关于慈善事业的会面描述不够准确。比尔·盖茨表示，他之所以和爱泼斯坦见面是为了做慈善。盖茨称，选择与爱泼斯坦见面是希望他能为自己的全球卫生事业提供资金支持，然而“那笔钱一个也没有出现，我还让他从中得到了一些好处，所以我犯了一个双重的错误。”

网传制造病毒谋利

2025年2月，网传马斯克揭露了盖茨基金会注资疫苗技术是为了制造病毒以谋取私利。通过关键词反搜和x的高级检索功能，并没有在马斯克账号或其他海外报道中发现网传内容，网传说法也没有提供可靠证据。