根据上述职责，区环境保护局设4个职能科室：

（一）综合科

综合协调局机关日常政务；负责文秘、会务、机要、档案、信息、保密、保卫、信访、政务公开、宣传、后勤保障等工作；组织办理人大代表建议（议案）和政协提案；负责机关内部规章制度建设；负责局机关及直属单位机构编制、组织人事、党群、教育培训、劳动工资、队伍建设、纪检监察和离退休人员服务管理等工作；承办局机关和直属单位局管干部的考核、任免、调配、奖惩等工作；负责局机关和直属单位的国有资产和财务管理。

（二）污染控制科

（三）重大项目监管科

（四）行政审批科