宁波海事局内设机构有办公室、党组工作部（组织处）、直属机关党委办公室（工会办公室）、纪检办公室、法规规范处、审计处、宣传处、综合计划处、财务会计处、人事教育处、通航管理处、船舶监督处、船员管理处、危管防污处、基建装备处、科技信息处、指挥中心（搜救中心办公室）、船舶交通管理中心、政务中心、 海巡执法支队。

宁波海事局下设北仑海事处、镇海海事处、梅山海事处、穿山海事处、大榭海事处、三江口海事处、象山海事处、鄞奉海事处、宁海海事处9个派出机构。

宁波海事局后勤管理中心是主要负责宁波海事局后勤管理工作的事业单位，中心内设综合办公室和业务科2个职能部。