良乡校区

北京中医药大学良乡校区位于北京市房山区良乡大学城，周围有北京理工大学、北京工商大学、首都师范大学三所高校。良乡校区于2013年破土动工，2015年首批新生入住，2017年教学主体搬迁，2018年行政主体搬迁，成为主校区。截至2024年10月，该校区占地面积约 1433 亩，自 2013年 9 月开工至今，开工总建筑面积 43·3 万平米。良乡校区作为学校建设世界一流中医药大学的主体校园，承载人才培养（早期）、科学研究（基础和创新）、社会服务、文化传承创新的主体功能，成为引领世界中医药高等教育发展的示范校园，截至2021年11月，该校区完成 “十三五”建设项目累计总建筑面积114735平方米，已拥有形态学实验楼、医学实验楼、东院科研综合实验楼、西院公共教学楼和公共教学部等多个建筑。2024年入学的所有专业学生均在良乡校区学习。

和平街校区

北京中医药大学和平街校区位于北京市朝阳区北三环东路11号，始建于1956年。截至2017年12月，和平街校区占地面积达400余亩，有基础医学院、针灸推拿学院、人文学院、管理学院等院系，建有中医药博物馆和图书馆等设施。截至2021年11月，该校区先后完成了远志楼、学六楼、学七楼等建筑加固改造项目，累计共完成建筑面积36493平方米，为学生提供了更为良好的生活条件，校区功能与良乡校区互补。

截至2024年10月和平街校区占地面积约200亩，现有总建筑面积19·7万平米。承担人才培养（后期）、科学研究（临床）、中医药国际交流、中医药文化传播与体验功能，打造国家中医药博物馆的校园。

望京校区

北京中医药大学望京校区位于北京市朝阳区望京中环南路6号，毗邻四元西桥，与望京医院一墙之隔，校区往西走有中央美术学院，往东走可以到798艺术区，附近还有地铁13号、14号、15号线的站点可供出行选择。截至2018年6月，望京校区已设有中药楼、食堂、操场、篮球场等建筑设施，其中阶梯状的护理楼颇具设计感，公寓楼身兼宿舍和教学楼两用。

望京校区位于北京市朝阳区阜通东大街28 号，截至2024年10月望京校区占地面积约70亩，现有总建筑面积4·5 万平米。承担继续教育、远程教育、各类人才培养和科技成果转化功能，成为国家大学科技园和大学生创新创业基地校园。