《北京青年报》源自于1949年3月21日创刊的《北平解放报·北京青年报》。当年春，新成立的青年团北平市工作委员会，在创办单独报纸条件还不具备的情况下，决定在由《人民日报》（北平版）改版的《北平解放报》第五版以专版形式创办《北平青年》，每逢星期一出版。1949年8月，《北平解放报》终刊，《北平青年》改为《北京青年》，以四开四版周报形式单独出版。1950年1月，《北京青年》改为32开杂志。1950年7月10日《北京青年》在出版第50期后，因为抽调干部筹建《中国青年报》而停刊。

1954年，在党的过渡时期总路线指导下，社会主义革命和建设高潮兴起，青年团的活动也日趋活跃。北京团市委感到需要有一张自己的报纸，用来反映北京市青年的工作与学习，并指导团的活动开展，因此决定恢复出版《北京青年报》。1955年7月1日，《北京青年报》以4开4版周报的形式复刊。1957年9月27日，因为抽调人力物力创办《北京晚报》，《北京青年报》第二次停刊。

1958年3月10日，随着“大跃进”高潮的掀起，原《北京青年报》改名为《共青团跃进报》正式出版。同年7月1日，又恢复《北京青年报》名称继续出版，并由原来的周二刊变成周三刊。1960年7月29日，因国家经济困难引发严重纸荒，迫使报纸第三次停刊。

党的十一届三中全会后，国家进入恢复与发展时期。改革开放政策的实施，为各项事业的蓬勃发展奠定了坚实的基础。1980年9月16日，中共北京市委常委会作出决定，批准《北京青年报》复刊。1981年7月3日，《北京青年报》第三次复刊，从第511期起正式公开出版发行。

2021年6月，有媒体报道称，在端午节的前一天，有关部门宣布了上级部门的决定：北京青年报正式划转给了北京日报报业集团。7月6日，《北京青年报》6版刊发题为《北京青年报社公开招聘编采人员10-12人》的文章，明确提出“北京青年报隶属于北京日报报业集团”。

2021年6月12日之前，《北京青年报》报尾信息显示，主办单位为共青团北京市委员会。但自6月12日至12月31日，报尾信息不再显示“主办单位”，而只显示“出版单位”为北京青年报社。

2022年1月1日，报尾信息中增加一条——主办单位 / 北京日报报业集团。

2023年09月16日，北京青年报电子报正式入驻北京日报客户端，广大读者登录北京日报客户端选择“看报”频道，点击“北京青年报”，即可第一时间阅读具有青年范儿的新闻内容。