医院设有围产医学部、新生儿科、妇科、妇科微创、妇科肿瘤、内分泌科、生殖医学科、计划生育科、麻醉科、中医科、遗传诊断科、内科、男科、乳腺科、性医学门诊等临床科室；超声科、放射科、检验科、病理科、药事部、病案科等医技科室；有害因素筛查门诊(特需)、妇保妇检门诊、儿童保健门诊、新生儿疾病筛查门诊、儿童内分泌门诊、儿童发育与干预门诊、儿童眼保健门诊、优生咨询门诊、青春期保健门诊等保健科室，其中生殖医学科是北京市重点学科。

2022年9月25日，北京妇产医院放疗中心正式投入运行。