2004年，中共中央、国务院出台《关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》（中发[2004]16号），提出必须努力拓展新形势下大学生思想政治教育的有效途径，大力加强大学生思想政治教育工作队伍建设，并对高等院校适应新变化、新形势，切实推进大学生思想教育工作提出了更新、更高的要求。

与此同时，围绕建设世界一流大学，北大学生工作队伍已经在青年学生思想政治教育、心理健康辅导、职业生涯规划与就业指导、特殊群体学生教育管理工等方面进行了积极探索，在具体工作开展过程中积累了大量经验。如何归纳总结日常实践，将其中具有推广价值的优秀经验进行理论提升，以进一步指导工作的新发展、新跨越，成为这一时期学校面临的重要课题。

为深入学习、贯彻和落实中央文件精神，进一步了解和掌握当代青年大学生群体的思想状况，加强理论研究和学术探讨，推动学校青年思想政治教育工作理论水平和研究能力的提高，全面提升思想政治教育工作的认识水平和实践能力，促进大学生思想政治教育工作的科学化和专业化发展，在时任北大党委副书记、杂志编委会主任张彦同志的具体主持和全力推动下，2005年春《北大青年研究》正式创刊。时任教育部副部长袁贵仁同志发来贺信，寄望杂志不断探索青年工作的新领域、新方法和新思路，把青年理论研究工作推向新的高度；时任北大党委书记闵维方教授提出“让青春的智慧在这里闪光”，时任北大校长许智宏院士为杂志题写刊名。