上海市北蔡中学（以下简称北中），初创于1937年秋，全面抗战以后，为使各来沪避难青年能入学起见，由热心办学人士高克继、 孔君贻等在上海山东路有正大楼同市立洋泾中学一起办学，校址为上海金陵西路232号，校名“江东中学”。

民国30年(1941)夏，因学生增多，原有校舍挤不下，一度迁至金陵西路232号上课。

民国34年(1945)，抗战胜利，洋泾中学回浦东俞家庙复校，江东中学校董会决定将学校迁至北蔡镇。由于校舍一时无法着落，由当时北蔡乡乡长秦永康以北蔡乡公产保管委员会名义调拨崇庆寺全部房屋（即今北蔡中心小学北部），稍加修理后充当校舍。在维修期间，暂栖本镇城隍庙一隅上课。校名由秦永康定为“私立莲溪初级中学”，校长秦永康。

一年后，由校董高克继、闵鲁西、陈锦涛等商议，决定将市区时江东中学的基金和校产在北蔡另择校址，筹建新校舍。民国36年(1947)秋，校名重又改为私立江东初级中学，并以复校名义，向上海市社会局立案，但因条件不符而未被批准。 后与市立洋泾中学协商，作为该校的分校备案。 校长一职由该校训育主任朱怡之担任。

一年后，仍未批准立案申请。

1948年。学生增至四个班级，原有校舍不敷应用，由校董闵鲁西（即民主人士闵祥麟）将自己的住宅——溪南小筑无偿借给学校使用，解决了校舍问题。

1949年5月，北蔡解放，校务由王立行主持， 由他向南汇县人民政府教育科办理备案手续。

1951年春，该校将原市区江东中学基金购置了上海永生钢笔厂的厂房19间作为校舍，又在近旁租借农田作为操场。

1952年秋，学校已扩展到6个班级。

1953年由川沙县文教科拨款，北蔡区人民政府资助建房（砖瓦），自行设计建造两层楼校舍一幢，上下14间，建筑面积550平方米。当时6个班，学生300余人。

1956年秋，私立江东初级中学转为公办， 改名“川沙县北蔡初级中学”。

1958年秋，扩办高中一个班。该班至1960年9月转入虹桥中学（后为唐镇中学），高中三年级。

1965年秋，在花木公社龙沟大队设立分校（至1968年脱离）；同年还在本公社潘姚大队设立分校（至1971年脱离）。

1977年至1978年，上海第廿八棉纺织厂子弟学校先后将初中和高中并入北蔡中学，并为学校建造三层教学楼一幢，建筑面积511·9平方米。 1977-1978年全校25个班级，学生超千，1979年又增至26班，为师生最多的一年。

1984年，在老楼房西首建造实验大楼（三层）一幢，建筑面积1147·9平方米。

1986年，该校在实验大楼前面兴建三层教学大楼一幢，建筑面积1651·9平方米。

1998年，浦东新区原御桥中学并入该校。

2001～2010年，学校在各类竞赛中获得团体国家级奖项4项、市级奖项77项、区级奖项216项；教师在教学评比、教科研等方面获得国家级奖项31人次、市级奖项19人次，区级奖项161人次；学生在各类竞赛中获得国家级奖项26人次、市级奖项245人次，区级奖项609人次。

2001～2010年，孙德仁、马淑颖先后任北蔡中学校长；郭新才、马淑颖、钱志龙先后任党支部书记。

2003年，新区调整城乡管理，学校实现二元并轨，浦东新区推行的“四个统一”政策为学校的软、硬件发展提供了支持。

2004年，原振华莲溪中学初中部又并入该校。

2005年以来，学校抓住浦东新区“基础教育均衡化”、“高中教育优质化”、“区域教育特色化”等政策机遇，夯实基础，修炼内功，持续突破，于2008年6月成为浦东新区初中素质教育实验校。

2006年始，学校以创建区实验性示范性高中为契机，提出“自主立身、合作共赢”的办学理念，学校在创新制度管理与人文管理的探索中逐步积淀了以“自主合作”为核心价值观的学校文化与办学特色：形成了“多方合作，自主管理”的德育模式；构建了“自主创新，和谐发展”的三类课程体系；形成了以“有效教学、分层教学、自主一合作学习指导”为主要特征的课堂教学范式；开发了集“教、研、训”为一体的教师校本研修网络平台，形成了一支具有强烈“自主发展意识与团队合作精神”的专业化教师梯队。随着办学理念的深入落实，办学质量与声誉连年提升。

自2006年以来，学校高考成绩始终保持“低进高出”的势头。

2010年，高考本科率达55%，达线率接近100%。中考成绩稳中有升，中考合格率接近100%，优秀率也逐年提升。周边百姓与各级领导对学校取得的成绩给予了充分的认可与肯定，马淑颖校长多次代表学校在全区教学质量会议上作经验交流。

2010年3月，更名为上海海事大学附属北蔡中学。

2010年5月，成为浦东新区实验性示范性高中。

至2010年9月，学校有54个班级，学生1838人，教职工186人，任职资格达标率100%，学历达标率100%。学校有高级教师26人，区学科带头人、骨干教师及后备22人，区名师基地学员8人，市名师名校长后备2人，市优青项目优秀校长后备1人，长三角名校长基地学员1人；具有研究生学历及研读经历的教师20多人；还有一大批爱岗敬业、肯钻研、能创新的优秀青年教师。

2011年，实施初高中分离，新建上海市北蔡中学。

2014年8月，教育局将鹏飞路295号配套学校划归北蔡中学作为新校区。

学校连续多年评为区文明单位、区首批素质教育实验校、区教育科研先进集体、区首批校本研修学校、区学校体育工作先进集体、区语言文字示范学校、区绿色学校、区教育信息化项目优秀领衔学校、区艺术教育特色学校、上海市花园单位、上海市安全文明学校、上海市体育传统项目学校等。