重庆市巴南区教育委员会设8个内设机构。

办公室

负责机关日常运转；承担区委教育工委日常事务；承担文电机要、督查督办、综合目标考核、政务公开、新闻宣传、网络舆情、安全保密、档案、史志年鉴编撰、机关后勤事务等工作；负责重大活动的组织、重要会议会务以及提案（建议）办理工作；承担推进本系统党的思想政治、纪律作风建设具体工作。

政工科

负责党建工作规划，指导开展党组织建设工作。承担所属事业单位领导班子建设、干部人才队伍建设具体工作；指导学校师德师风建设、年度（绩效）考核、教师培训管理以及人事制度改革工作；负责本系统统战、老干、机构编制、工资福利、人事档案、人员交流、离退休办理等工作；承办教师招聘、职务评聘、岗位管理、教师资格认定注册、优秀（特级）教师评选推荐等工作。负责本机关公务员、工勤人员的考核、工资、职务晋升等工作。

计划财务科

承担教育事业发展中长期规划编制、布局调整的具体工作；执行教育经费政策规定，负责部门预决算、财务会计、医保办理以及系统国有资产管理、审计、住房公积金管理等工作；指导和监督所属事业单位预决算、财务会计、资金使用、国有资产管理等工作；指导所属事业单位收费与学生资助、集中采购、教学装备配置等工作。承担基建项目规划、投资计划、资金概算的具体编制工作；指导、监督所属事业单位基建工作，审核、督促配套学校建设；组织抗灾救灾工作；承担“对口扶贫”具体工作；负责本机关的财务和会计工作。

基础教育科

管理指导中小学幼儿园的课程建设、教育教学活动、教科研、学籍档案、考试考查、学业评价等教育教学业务工作；指导学校科技、环境保护、信息技术、人口等专项教育工作；监管指导中小学幼儿园的招生工作，协助大中专招生工作；承办教育国际交流合作、民办幼儿园等级评定及年检初审工作；负责全区语言文字规范化的监督指导、普通话推广工作。

德体卫艺科

负责德体卫艺工作规划；管理指导学校德育、体育、卫生、艺术教育教学工作；指导学校青少年法治、心理健康、社会实践、劳动等专项教育；指导学校德体卫艺教师队伍建设、阵地基地、校园文化、团队、关心下一代和红十字会工作；协助有关部门做好国防（民防）、军训、家庭教育、校外教育和留守儿童关爱工作；组织德体卫艺活动和全区性学生体育考试。

职成民办教育科（行政审批科）

承担中等职业教育、民办教育、社区教育管理指导和扫盲工作；指导中等职业学校教育教学改革、招生和实训基地建设等工作；负责中等职业学校学籍管理；负责民办幼儿园的设立、变更、终止和民办初中、民办小学和文化教育类民办非学历教育培训机构的设立、变更、终止及年审等工作。

信访安全稳定科

负责教育系统信访安全稳定工作；指导协调处置本系统突发事件；督促指导学校建立健全学生意外伤害保障机制和校园安全教育、培训、管理、防范等工作；负责校车安全管理；负责教育系统防范和处理邪教工作；组织开展本系统安全稳定工作检查、考核、风险研判和校园及周边环境综合治理工作。

巴南区教育委员会督导室（区政府教育督导室、改革法制科）

负责教育督政、督学工作；负责对各镇街和区属部门依法履行教育工作职责情况进行监督、检查和考核，并及时向区政府报告情况；组织开展中小学幼儿园综合督导评估、专项督导检查、基础教育发展水平和质量监测工作；负责教育督导制度、督导网络建设和中小学幼儿园责任督学挂牌督导等工作；督促指导学校制定发展规划及办学章程。负责教育重大问题的调查研究；牵头推进教育改革工作；负责本系统依法行政、依法治校工作，指导教育系统普法教育工作；负责教育行政诉讼、行政复议等法律事务工作，承担教育规范性文件的管理工作；牵头教育行政执法、“双随机一公开”、社会信用体系建设、减证便民工作。