拜仁慕尼黑长期以来一直致力于慈善事业，资助其它遭遇财政危机的足球俱乐部以及遭遇不幸的普通民众。2004年印度洋大地震发生后，俱乐部成立了“拜仁互助协会（fc bayern – hilfe e·v·）”，旨在为海啸受灾群众募集社会捐款。协会自成立以来共募得来自俱乐部官员及球员的60万欧元善款。该款项除其他事项外，主要用作在斯里兰卡马拉滕凯尼（marathenkerny）新建一所学校和在亭可马里地区的重建工作。2007年4月，该协会又决定将重点转向资助本地有需要的人士。

俱乐部对于遭遇财政危机的其它球队特别友善，拜仁曾多次向同城对手慕尼黑1860提供无偿友谊赛、低价转会及直接注资等协助措施。2003年7月6日，拜仁慕尼黑与濒临破产的开姆尼茨进行了一场友谊赛，帮助后者得到30万欧元的资金活了下来。6天后，拜仁又与刚刚从德乙降级的圣保利进行了友谊赛，比赛获得的全部相关收入帮助圣保利保住了德丙联赛的参赛资格。2004年，多特蒙德深陷财政危机几近破产，拜仁及时的提供了200万欧元的借款助其度过难关。2009年，马克·范博梅尔母队福图纳锡塔德足球俱乐部遭遇财政危机，拜仁也与这家荷兰球队进行了一场慈善赛。2013年1月，当亚琛遭遇破产后，拜仁与其进行了一场慈善赛，尽可能的为对手赚取门票收入。

2013年，德国南部城市帕绍遭遇500年一遇的洪水袭击，大量民众被迫疏散，拜仁董事会主席卡尔-海因茨·鲁梅尼格于同年6月7日宣布将会尽快与受灾当地的球队进行一场慈善比赛，比赛的所有收入将会全部捐献给当地受灾的灾民。2018年，拜仁慕尼黑与多特蒙德交手后，两家德国顶级俱乐部也在慈善领域做了良好的表率。球迷们可以通过拍卖获得球员们在比赛中所穿的球衣，附带签名。本次拍卖所得的全额款项，都会捐献给一家名叫“deutsche sporthilfe”的基金会。