医院成立于1984年，北京市心肺血管疾病研究所成立于1981年，二者均由中国胸心血管外科奠基人吴英恺院士所创立，为一个医疗科研联合体。2013年获批首批“国家心血管疾病临床医学研究中心”，2021年获批国家区域医疗中心建设输出医院，2022年入选国家卫生健康委“公立医院高质量发展医疗服务能力提升项目”首批基地单位。

2023年12月，由北京安贞医院发起的心血管病专科联盟成立。

2024年4月14日，安贞医院举行建院40周年学术大会。会上，安贞医院党委书记张宏家表示，该院已建成全世界最大的心血管临床样本库，未来将孵化产出一批临床科研成果。

2024年10月下旬，北京安贞医院通州院区计划启用，院区位于宋庄镇，该院区将开放住院病房14个，床位490张。冠心病中心等20余个科室计划日均开放64个门诊单元。