省立安徽大学时期

1928年，省立安徽大学在安庆成立。安徽大学农学院首任院长是李顺卿（南京金陵大学林学学士，美国芝加哥大学植物学博士。）

1929年2月1日，安徽省政府召开第77次委员会会议，决议通过《安徽省立大学组织大纲》，确定由文学、理学、农学等七院组成，各院设若干系；实行学分制，视各学院课程之性质，分别确定学分；学生的毕业年限，以四年至六年为度。

1929年7月，安徽省政府聘请王星拱出任安徽省立大学校长。王星拱到任后，提出了安徽省立大学的办学方针和办学目标。同时，完善各项规章制度，改革学校管理体制。制定《校务会议规程》，制定《安徽大学学则》，实行学年兼学分制。

1930年6月，安徽省政府任命杨亮功为安徽省立大学校长。杨亮功到任后，按照教育部要求，将安徽省立大学易名为“安徽省立安徽大学”，并修订学校组织大纲。

1935年夏，农艺系对外招生，录取19人，备选2人。聘冯紫岗先生为农艺系主任兼农场主任、聘贺俊峰先生为农艺系教授。经断续7年的筹备，农学院宣告成立，从而开启了安徽高等农业教育新的篇章。

困境中办学

1937年7月，日军大举侵华，局势维艰。1938年夏，日军逼近安庆，学校决议西迁。师生避六安、迁金寨、走汉口、退重庆，辗转流徙，经费断绝，继续办学已成无望。1939年夏，省立安大宣告停办，农学院遂告夭折。

1946年1月，国民政府教育部决定恢复安徽大学，并改省立为国立，由教育部直接管辖。

1949年，安庆解放后，中国人民解放军南京军管委接管安徽大学。

1949年7月中旬，长江洪水泛滥，安大校舍全部被淹。10月，奉中共中央华东局文教部令，国立安徽大学迁往芜湖，与那里的省立安徽学院合并组成新的安徽大学。

1952年10月，中央人民政府教育部转发政务院的决议案：“安徽大学校名取消。其师范学院、农学院分别独立为安徽师范学院、安徽农学院。”1954年4月，根据省政府决定，农学院迁往合肥办学。

1968年11月25日，省革命委员会决定安农下迁滁县、凤阳农村办学，并要求学校15天内搬迁完毕。1968年12月6日下迁后，全员师生经过1969年4月、1969年6月29日、1970年2月和1972年3月多次探讨后，安农才先后确定办学体制，即学院设总院——位于宿县紫芦湖，下设滁县和凤阳两个分院。

新时期发展

1978年10月，安农人踏上回迁之路，并于同年的11月18日，在校大礼堂隆重举行大会：“庆祝回迁合肥暨78级新生开学典礼”。

1981年，获得硕士学位授予权。1985年6月1日，经安徽省人民政府批准，学校与金寨县人民政府联合举办“安徽农学院金寨农业专科班”。该班学制2年，大专学历。1985年首届招收林学、蚕桑2个班学生，于9月23日正式开学。安徽农学院金寨农业专科班是全国第一所全日制县属农业大专班，首开学校与地方政府联办高等教育之先河，最为重要的是，由此拉开了“大别山道路”的序幕。

1994年4月22日，学校进行院系体制改革，对原有系科、专业进行整合，实行校院系体制。成立5个学院、17个系（所），构建了校、院、系3级管理体制和质量监控体系。次年3月，经原国家教育委员会批复同意，安徽农学院更名为“安徽农业大学”。

2000年，获得博士学位授予单位。

2004年7月26日，对学校的院系科、专业进行调整，经过成立、更名、撤销一系列改革后，成立16个学院、1个教学部，标志着学校由原来的校院系体制向校院体制转变。

2011年成为安徽省人民政府和农业部共建高校。

2012年成为国家首批建设“新农村发展研究院”的十所高校之一，入选“中西部基础能力建设工程”高校。

2013年入选安徽省首批“有特色高水平”大学建设高校；入选“中西部高校基础能力建设工程”项目。

2014年成为安徽省人民政府和国家林业局共建高校。

2018年，获批一项国家级新工科研究与实践项目。

2020年9月，入选教育部首批国家级新农科研究与改革项目；11月6日，牵头成立的“全国农科研究生志愿服务联盟”成立。

2023年7月17日，成为亚洲农业科教创新联盟首批成员。

2024年3月，安徽农业大学区域国别研究中心在合肥正式揭牌。4月15日下午，庐江县政府与安徽农业大学签署合作协议，安徽农业大学新校区建设项目正式落户合庐产业新城。9月29日，安徽农业大学桐城小花科技小院揭牌仪式在桐城市农业农村局举行。

2025年3月5日消息，安徽农业大学大模型“安心问”平台已接入deepseek。3月13日，安徽农业大学“农业科学”学科成功迈入全球前1‰学科行列。6月，安徽农业大学发布的《“老乡鸡新农人创新班”和“老乡鸡店长班”招生通知》在社交平台引发关注。通知显示，安徽老乡鸡餐饮有限公司与该校达成战略合作协议，2025年遴选2023级本科生50人（其中后备人选10人）和2022级本科生50人（其中后备人选10人）分别组建“老乡鸡新农人创新班”和“老乡鸡店长班”。