2004年11月29日，该校成立学生膳食管理委员会。

2007年11月11日，安徽农业大学第十二次学生代表大会在大学生活动中心举行，产生了第十二届安徽农业大学学生会委员会。

2013年12月，安徽农业大学进行机构调整，学生会由办公室、宣传部、女生部、学习部、生活保卫部、学科部、文艺部、体育部、网络部、实践部、自律部、膳食管理委员会调整至六个部门，同时，安农青年传媒中心挂靠至安徽农业大学学生会。

2014年4月，安徽农业大学成立大学生创新创业孵化中心，由校党委领导，校团委指导，校学生会负责具体管理。

2014年5月，安徽农业大学学生会因工作需要，成立创新创业服务化中心。

2014年9月，学生会安农青年传媒中心与宣传部进行整合并对现有部门进行调整，经研究决定，保留安农青年传媒中心名称，中心主任由学生会副主席兼任，安农青年传媒中心下设记者站、编辑部、新媒体部、视觉效果部等四个职能部门。

2015年2月，经研究决定，学生会设宣传部负责管理学生会各宣传平台。